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PacBio

Sequence with Confidence

PacBio 於 2004 年在美國加州成立,其獨家開發的單一分子即時定序 (Single Molecule, Real-time Sequencing) (以下簡稱 SMRT 定序技術),不僅能夠提供長達數十 kb 的精確定序結果,更能完整檢測過去 NGS (next-generation sequencing) 次世代定序技術難以攻克的重複序列區域,例如:端粒 (telomeres)、著絲粒 (centromeres)、高 GC 含量區域以及複雜基因區域 (如 HLA 基因) 等,使生命科學家們得以對基因體 (genomes)、轉錄體 (transcriptomes) 與表觀基因體 (epigenomes) 有更全面完整的了解。

迄今為止已有數千篇的學術期刊論文使用 PacBio SMRT 定序技術推動生物醫學、動植物與微生物等科學領域的研究發現,其應用包含全基因體定序 (whole genome sequencing, WGS)、基因變異偵測 (variant detection)、RNA 全長定序 (RNA sequencing)、複雜群體基因定序 (complex populations)、標靶基因定序 (targeted sequencing) 與表觀遺傳 (epigenetics) 修飾偵測等。以下將為您進一步介紹 PacBio 長讀取定序 (long-read sequencing) 技術的兩個核心成員—— HiFi 定序技術與 Sequel® IIe 定序系統。若您有興趣進一步了解 HiFi 定序實驗實踐細節與生物資訊分析流程,歡迎洽詢 PacBio 台灣代理伯森生技

HiFi 定序技術

HiFi (High Fidelity) 定序技術是基於 SMRT 定序技術所開發出的高精準度長讀取定序技術。在此技術中,待測 DNA 序列兩端會先銜接上一段序列 (adapter) 使其形成環狀 DNA,該環狀結構將可讓待測 DNA 在定序過程中能夠被反覆測序。藉由比對反覆測序的序列結果,定序錯誤將會得到修正,進而提高數據準確度。HiFi 定序結果的準確度高達 >99.9%,定序長度一般最長可達 25 kb,是目前唯一可以兼具長讀值與高準確度的定序技術!

HiFi 定序技術的出現,意味著我們可以在享有長讀取定序技術優勢的同時,還能享有堪比 NGS 等級的序列精準度,讓 DNA 與 RNA 序列分析工作變得更快且更加完整精確!

目前已有多項大型基因體定序計畫採用 HiFi 定序技術,包含 NHGRI Human Genome Reference ProgramTelomere-to-Telomere ConsortiumHuman Pangenome ProjectAll of UsSOLVE-RD 等;而在最新的 precisionFDA Truth Challenge V2 挑戰賽中,HiFi 定序技術也脫穎而出,無論是在全基因體、重複序列區域或 MHC 基因區域,HiFi 定序技術皆具有最佳的變異檢測準確度與結果再現性。

數千篇學術發表文獻採用 PacBio SMRT 長讀取定序技術。其中有多篇刊載於《Cell》、《Nature》、《Science》、《Nature Genetics》和《Genome Research》等國際頂尖期刊,您可以在此查詢到所有 PacBio SMRT 定序技術的相關文獻。

Sequel IIe 定序系統

Sequel IIe 定序系統由 PacBio 公司所推出的 Sequel II 定序系統於 2019 年榮獲生命科學產業獎 (Life Science Industry Awards, LSIA) 基因體學組最具創新性產品金獎,並於同年獲選為《The Scientist》雜誌年度十大創新產品。基於 Sequel II 定序系統的出色性能與高度穩定性,PacBio 於 2020 年 10 月精益求精地推出 Sequel IIe 定序系統

Sequel IIe 在硬體設備與軟體設計上都進行了全面的升級與優化,使用戶能在 Sequel IIe 系統上直接獲得高品質的 HiFi 定序數據。該特性將可縮短用戶約 70% 的數據分析時間,並減少約 90% 的數據傳輸時間與儲存空間需求,讓用戶能夠以更高效、經濟的方式完成 DNA 與 RNA 序列分析。除此之外,Sequel IIe 配套的分析軟體「SMRT Link 11」也為 HiFi 定序帶來新維度,讓使用者能在不更動原有實驗步驟(無須亞硫酸鹽 (bisulfite) 處理)與數據處理流程的前提下,從原本的 HiFi 定序數據中額外獲取 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 的定序結果,擴展您研究應用於表觀基因體的可能性。新版本的系統分析軟體不僅支持 5-base HiFi 定序數據分析 (A, C, G, T, 5mC),同時也新增腺相關病毒 (adeno-associated virus, AAV) 分析模式等多種功能,詳細資訊歡迎洽詢 PacBio 台灣代理伯森生技

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